Pada masa kecilnya, Yohanes Nepomucene disembuhkan dari sebuah penyakit melalui doa-doa dari orangtuanya yang saleh. Sebagai tanda ucapan syukur, mereka mempersembahkannya untuk pelayanan akan Tuhan.
Yohanes menjadi seorang imam, kemudian ia dikirim ke sebuah kota di Praga. Ia adalah seorang pengkhotbah yang hebat dan ribuan orang yang mendengarkan dia bertobat dan mengubah jalan hidup mereka.
Raja Wenseslaus IV mengundang dia ke istana dan dia menjadi bapa pengakuan bagi Ratu. Pada suatu hari raja menanyai Yohanes Nepomucene apakah gerangan yang dikatakan oleh Ratu dalam pengakuannya. Ketika Pastor Yohanes menolak, ia pun dimasukkan ke dalam penjara.
Untuk kedua kalinya ia dipanggil menghadap dan diminta mengungkapkan isi pengakuan Ratu. “Jika engkau tidak mengatakannya kepadaku”, kata Raja, “engkau akan mati. Tetapi jika engkau taat pada perintahku, kekayaan dan kemuliaan akan menjadi milikmu.” Sekali lagi Pastor Yohanes menolak. Ia pun disiksa. Sang Raja meminta dia dilemparkan ke dalam sungai Moldau pada malam hari. Tetapi keesokan harinya, orang menemukan tubuhnya ter-apung di sungai dengan jari telunjuknya terletak di depan mulutnya yang tertutup.
Santo Yohanes dikenal sebagai ‘martir sakramen pengakuan’.
